平成２８年４月１日現在
| 各地商工会議所緊急支援本部 | 日本商工会議所「緊急行動計画」（平成２１年２月決定）にもとづく各地商工会議所運営・事業活動の支援強化、税制改正、各種委託・補助・助成等の情報提供サービス強化、各地商工会議所の活動状況等の情報発信強化等 | |
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| 総務部 | 総務・人事 | 日本商工会議所定款・諸規程、商工会議所の個人情報保護対策、事業計画・事業報告、中期行動計画の推進、コンプライアンス問題への対応、Eメール通信、人事・研修、叙勲・褒章、表彰、慶弔、商工会議所地域活性化情報センターの管理・運営、その他庶務事項 |
| 組織・運営 | 商工会議所法等の運用に関する対応、商工会議所運営の問題への対応、会員総会、議員総会、常議員会、専務理事・事務局長会議等諸会議の開催、全国商工会議所女性会連合会の運営等 | |
| 財務・経理 | 予算・決算、会費、会計基準、各種共済保険制度（休業補償プラン・中小企業PL保険・個人情報漏洩賠償責任保険等）、その他経理全般 | |
| 広報部 | 広報および広聴、商工会議所のPR、「会議所ニュース」・「石垣」その他の編集・発刊、「日商ニュースファイル」の編集・発信、ホームページによる情報発信、各地商工会議所会報発行事業の支援 | |
| 企画調査部 | 総合的な政策の企画・立案および調査、行財政改革・地方分権の推進、国民生活・社会保障問題への対応、教育問題への対応、少子高齢化問題への対応 | |
| 国際部 | 多・二国間経済委員会の運営、経済ミッション（ハイレベル・実務型）の派遣・受入、国際経済問題の調査・研究、在日外国公館等国際関係諸機関との連絡・提携、中小企業の国際化支援、在外日本人商工会議所等との連携・協力、海外企業等からの取引照会等への対応、各地商工会議所貿易証明業務の支援、経済連携協定等に基づく特定原産地証明書の発給 | |
| 産業政策部第一部 | 税制・財政、金融、会計に関する検討・要望・陳情、地方幹線道路等の整備促進への対応、景気対策や経済・産業政策、経済法規・司法制度改革、知的財産制度等の検討・提言・要望、LOBO（早期景気観測）調査・地域経済四半期動向・中小企業景況調査 | |
| 産業政策部第二部 | 労働 | 労働法制、雇用対策、外国人労働者受入れに関する検討・要望、労働施策の広報・啓発等 |
| 環境 | 地球温暖化対策に関する検討・要望、廃棄物・リサイクル対策、エネルギー問題の広報・啓発等 | |
| 地域振興部 | 新しいまちづくりの推進等 |
改正「まちづくり３法」の施行・運用状況のフォローアップ、中心市街地活性化協議会の設置・運営等、中心市街地活性化への取り組み支援、まちづくりを担う人材の確保・育成、まちづくり条例等制定への取り組み支援、商店街の振興支援等 |
| 観光の振興 | 産業観光等まちづくり運動として取り組む新しい切り口による観光の推進、全国商工会議所観光振興大会の開催、全国商工会議所観光振興大賞の実施等 | |
| ものづくりの支援 | 地域資源∞全国展開プロジェクト・ＪＡＰＡＮブランド育成支援事業の実施等）および研修会・セミナー等の実施、農商工連携の推進、JANメーカコードの登録受付等 | |
| 中小企業振興部 | 中小･小規模 企業支援 |
中小企業施策の普及、経営改善普及事業等の普及推進、創業・経営革新支援、経営指導員の指導・育成、全国商工会議所青年部連合会の運営 |
| 中小企業金融・ 事業再生 |
各種金融施策の普及、マル経制度の見直し・利用促進・運用指導、信用保証基金の管理・運用、倒産防止・経営安定対策、産官学連携事業の推進、SBIR(中小企業技術革新制度）の啓発・普及、政策金融改革への提言等、事業再生への取組支援、早期転換・再挑戦支援 | |
| 人材対策事業 | 中小･小規模企業の人材確保・育成および雇用促進 | |
| 事業部、 中央ジョブ・カードセンター |
各種検定試験の 実施・普及 推進等 |
簿記、販売士、ＤＣプランナー（企業年金総合プランナー）、日商ビジネス英語、日商ＰＣ（文書作成）（データ活用）、ＥＣ実践能力、電子会計実務、ビジネスキーボード、日商マスター、計算力・思考力、珠算、電子メール活用能力、キータッチ２０００テスト、検定ホームページおよび検定情報ダイヤル・ＰＲパンフレット等による広報、検定事業関連表彰、最優秀者表彰等 |
| 産業人材育成に 関する検討 検定試験振興事業 |
各種検定試験公式テキスト・ｅラーニング等学習ツールの開発・提供、販売士講習会、日商マスター研修会の実施等）、記章等頒布、関係団体支援等（日本珠算連盟・日本販売士協会関連業務、日本数学協会活動支援、消費生活アドバイザー試験支援等 | |
| ジョブ・カード制度の 普及推進 |
中央ジョブ・カードセンターの設置・運営、地域ジョブ・カードセンターおよび地域ジョブ・サポートセンターの設置・運営支援、ジョブ・カード制度の普及啓発・活用促進等 | |
| 情報化推進部 | ビジネス認証サービス（電子認証事業）、地域中小企業および商工会議所の「ＩＴ経営」への取り組み支援、商工会議所標準業務処理システムＴＯＡＳ（トータルＯＡシステム）の普及推進、日商ホームページの管理、事務局内のネットワーク管理対策等 | |
| 新規事業推進担当 | 検定事業・産学連携事業等の普及推進、中小企業支援・人材育成を通じた会員サービス新規事業の企画・開発等 | |